package.jsonファイルによって管理されます。monaca remote config にてプロジェクトディレクトリから開くことができます。設定メニューをクリックすると画面を開くことができます。index.htmlファイルに含めた場合にのみ動作します。loader.js ファイルもcordova.jsを内部の処理にてロードしています。
そのため、上記の行をインクルードする場合は、下記の行を削除することができます。www である必要があります。www ディレクトリを対象に読み込み処理を実施しています。file：// をとおして index.html が開けることを確認してください。